企业的转让股权，如果没有留存收益（盈余公积与未分配利润），那么在计算股权转让的所得时，用转让收入减除取得股权的成本即可， 然如果企业有留存收益是否允许扣除，过去一直是一个争议很大的话题。

有人认为，企业的盈余公积和未分配利润，实际上已经交过企业所得税，如果在股权转让的过程中不允许扣除，那么相当于又交了一次税，有重复征税之嫌。

举个简单的例子。甲公司持有A公司的100%的股权。该股权的成本为500万元，公允价值为1,000万元。其中未分配利润500万元。甲公司将持有的A公司的股权转让给乙公司。

若在股权转让前，A公司将未分配利润500万全部分给甲公司。股权转让的所得=500-500=0。该股权转让应当缴纳的企业所得税为0。

若在股股权转让之前，A公司将未将500万的未分配利润分给甲公司，股权转让所得=1,000万-500万=500万。该笔股权转让应缴企业所得税=500万×25%=100万。

显而易见，若留存收益不允许扣除，重复征税是存在的。

但《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函（2010）79号）第三条：“企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存中按该项股权可能分配的金额。”该条规定明确了企业股权转让留存收益不能扣除。

其内在的逻辑考虑的不是一次性股权转让，而是股权转让以后的再转让。

我们仍以上面所举的例子为例：如果留存收益允许扣除。甲公司把所持有的A公司股权，以1000万元（成本500万+留存收益500万）的价格，转让给了乙公司。转让后，乙公司取得A公司的股权，确认投资成本 1,000万。A公司向乙公司分红500万。后乙公司以500万的价格将所持有A公司的股权转让给C公司，确认投资损失500万元。这500万的损失，可以用于抵其他所得。这样一来，甲公司股权转让没有交税，乙公司再次转让又有了亏损，最终损失的是税款。