对象不同：老三板的交易对象是从主板退下来的企业。新三板的交易对象是全国性的非上市股份有限公司，主要针对的是中小微企业。

作用不同：老三板是为了解决历史遗留问题，交易主板退市的股票。新三板主要是为了中小科技企业可以更好的融资，从而发展壮大。

股票的形成方式不同：老三板是从主板退市下来的股份，公司质量较差。而新三板是中小科技企业为了融资主动发行的股票，是为了主板上市做准备的潜力股。但是目前从新三板转板去主板上市的难度较大，比例也非常低。

交易方式的差距：老三板根据股票质量分别每周1次，3次或者5次交易。涨跌幅度最多5%。新三板交易最低要求3W股，而且买卖双方一般在线下商定好价格后，在线上完成交易。对于超过30%股份的交易，需要公开买卖双方信息。