沪港通交易手续费设定为百分之六的原因可能涉及多个方面。首先，港股通股票收费除了按照固定比例收取佣金之外，还包括交易税费、结算费用、证券组合费用、券商佣金等多项费用。这些费用累加起来相对A股市场的手续费较高。

其次，沪港通交易手续费率的设定也与投资者买入的资金量有关。通常，买入的资金量大时，相关的手续费用就会较低。因此，百分之六的手续费可能是针对较小资金量的交易而设定的。

另外，需要注意的是，沪港通交易涉及港币报价、人民币结算的过程。为避免当日汇率波动给市场带来的结算风险，需要设定参考汇率，并用于券商交易前端预冻结资金。这一机制也可能对交易手续费的设定产生影响。

总之，沪港通交易手续费的设定是一个综合考虑多种因素的过程，包括市场状况、交易成本、风险控制等。投资者在进行沪港通交易时，应充分了解相关费用及交易规则，以做出明智的投资决策。