新制度经济学这一经济学分支的流行，与其不使用复杂的数学有关。由于不用建模，新制度经济学在经济学界迅速红火起来，该领域几个大家如科斯、诺斯、威廉姆森等的学术著作，都成了畅销书。但在传播的过程中，新制度经济学也引起很大的争议。

严格地说，思想史的研究需要按照不同经济学家的学术思想和理论逻辑分门别类，而分类的依据在于理论内核的鉴定。一个经济学分支区别于其他经济学分支，在于理论内核的不同，否则就难以称其为一个流派，更谈不上一个相对独立的思想体系。新制度经济学之所以能够成为一个流派，是因为归入这个群体的经济学家主要通过制度因素来解释社会经济现象，而不是因为其研究的对象是制度。西方现代经济学中其他分支也研究制度，制度无所不在，难以回避。但始终从制度来理解社会经济变迁的，就只有新制度经济学家了。最典型的就是诺斯。诺斯把历史的变革看作是制度的驱动：从截面上看，制度决定了不同经济体微观层面的资源配置效率和宏观层面的经济增长与发展；从时序上看，制度决定了不同经济体的演变路径。社会经济的多元化来自制度的多元化；经济变迁本质上是制度变迁的过程，如此等等。这种把制度提升到理解整个社会经济核心位置的理论，才称得上是新制度经济学。因此，首先需要厘清的一个基本问题是，定义新制度经济学时，不能按研究对象定义，这不是其理论内核；而应该按理论逻辑定义，这才是思想史应该有的分类思路。

按照理论逻辑来说，可以归入新制度经济学的代表性人物有阿尔奇安、德姆塞茨、张五常、科斯、诺斯、威廉姆森、奥斯特罗姆等。这些新制度经济学家无一例外，都以制度的视角来理解和解释社会经济变迁，看起来其思想和逻辑具有一致性。一些学者认为，这些新制度经济学家的思想和理论逻辑具有两个基本特点：理论上，论证制度是最重要的；政策设计上，强调市场化。由此，新制度经济学家被纳入了新自由主义阵营，新制度经济学被简化为产权理论，进而被简化为针对所有制改革的理论。

实际上，如果从思想史的角度重新审视这一经济学分支会发现，新制度经济学内部原本就存在很大分歧。如果重新以学术的严谨态度来评述新制度经济学，就不得不承认这样一个事实：新制度经济学只不过是一群强调制度因素的经济学家的松散集合，这些经济学家的思想和理论逻辑存在很大差异，甚至在方法论上也显得那么不同，以至于很难把他们当作是一个阵营。在近50年兴起的经济学分支当中，只有新制度经济学是最松散的集合体，也只有新制度经济学最不符合思想史关于一个相对独立的理论体系的定义。

表面上看，新制度经济学家都强调制度的重要性，但从思想和理论逻辑看，归入新制度经济学这个群体的经济学家至少可以分为三个子集，其共同思想是制度决定社会经济变迁。但对这个共同思想的展现则大相径庭。第一个子集是以阿尔奇安、德姆塞茨和张五常等为核心的产权学派。其主要思想是，认为制度的核心在产权制度；理论体系上则是以产权为核心建立的产权理论体系；在方法论上则是标准的新古典范式。第二个子集是以科斯、威廉姆森和奥斯特罗姆等为核心的交易成本学派。其主要思想是，不同制度各有其优劣，哪种制度占优取决于各自的交易成本；理论体系围绕交易成本、契约与等级等治理机制来构建；在方法论上强调直面现实，反对新古典范式。第三个子集是以诺斯为核心的制度演化学派，广义上还包括青木昌彦等。其主要思想是，制度是一个演化过程，这个过程决定了社会经济变迁的过程，并且制度演化和人的认知与心理有关；理论体系则基于参与人的认知和心理博弈、制度的形成和动态变迁来构建；方法论上同样反对新古典范式，倾向于演化论。

如果把这三个子集的思想和理论体系界定清楚了，那么可以看到，所谓的新制度经济学其实并没有一个统一的理论体系，更谈不上一致的方法论。新制度经济学家中，除了产权学派以外，其他所有人都反对新古典范式。